#!/usr/bin/python """ Ter = ["TAA", "TAG", "TGA"] Phe = ["TTT", "TTC"] Leu = ["TTA", "TTG", "CTT", "CTC", "CTA", "CTG", "CTN"] Ser = ["TCT", "TCC", "TCA", "TCG", "TCN", "AGT", "AGC"] Tyr = ["TAT", "TAC"] Cys = ["TGT", "TGC"] Trp = ["TGG"] Pro = ["CCT", "CCC", "CCA", "CCG", "CCN"] His = ["CAT", "CAC"] Gln = ["CAA", "CAG"] Arg = ["CGT", "CGC", "CGA", "CGG", "CGN", "AGA", "AGG"] Ile = ["ATT", "ATC", "ATA"] Met = ["ATG"] Thr = ["ACT", "ACC", "ACA", "ACG", "ACN"] Asn = ["AAT", "AAC"] Lys = ["AAA", "AAG"] Val = ["GTT", "GTC", "GTA", "GTG", "GTN"] Ala = ["GCT", "GCC", "GCA", "GCG", "GCN"] Asp = ["GAT", "GAC"] Glu = ["GAA", "GAG"] Gly = ["GGT", "GGC", "GGA", "GGG", "GGN"] Any = ["TAN", "TTN", "TGN", "CAN", "ATN", "AAN", "GAN", "AGN", \ "ANA", "ANT", "ANG", "ANC", \ "TNA", "TNT", "TNG", "TNC", \ "GNA", "GNT", "GNG", "GNC", \ "CNA", "CNT", "CNG", "CNC", \ "NAA", "NAT", "NAG", "NAC", \ "NTA", "NTT", "NTG", "NTC", \ "NGA", "NGT", "NGG", "NGC", \ "NCA", "NCT", "NCG", "NCC", \ "NNA", "NNT", "NNG", "NNC", \ "ANN", "TNN", "GNN", "NNC", \ "NAN", "NTN", "NGN", "NCN", \ "NNN"] Any : "X", Ter: "*", Phe: "F", Leu: "L", Ser: "S", Tyr: "Y", Cys: "C", Trp: "W", Pro: "P", His: "H", Gln: "Q", Arg: "R", Ile: "I", Met: "M", Thr: "T", Asn: "N", Lys: "K", Val: "V", Ala: "A", Asp: "D", Glu: "E", Gly: "G" """ standard = { 'TTA': 'L', 'TTG': 'L', 'CTT': 'L', 'CTC': 'L', 'CTA': 'L', 'CTG': 'L', 'CTN': 'L', 'TGG': 'W', 'TAA': '*', 'TAG': '*', 'TGA': '*', 'ATG': 'M', 'TTT': 'F', 'TTC': 'F', 'TAT': 'Y', 'TAC': 'Y', 'TCT': 'S', 'TCC': 'S', 'TCA': 'S', 'TCG': 'S', 'TCN': 'S', 'AGT': 'S', 'AGC': 'S', 'CCT': 'P', 'CCC': 'P', 'CCA': 'P', 'CCG': 'P', 'CCN': 'P', 'TGT': 'C', 'TGC': 'C', 'CAT': 'H', 'CAC': 'H', 'CAA': 'Q', 'CAG': 'Q', 'AAT': 'N', 'AAC': 'N', 'CGT': 'R', 'CGC': 'R', 'CGA': 'R', 'CGG': 'R', 'CGN': 'R', 'AGA': 'R', 'AGG': 'R', 'ATT': 'I', 'ATC': 'I', 'ATA': 'I', 'AAA': 'K', 'AAG': 'K', 'GAT': 'D', 'GAC': 'D', 'GAA': 'E', 'GAG': 'E', 'ACT': 'T', 'ACC': 'T', 'ACA': 'T', 'ACG': 'T', 'ACN': 'T', 'GTT': 'V', 'GTC': 'V', 'GTA': 'V', 'GTG': 'V', 'GTN': 'V', 'GCT': 'A', 'GCC': 'A', 'GCA': 'A', 'GCG': 'A', 'GCN': 'A', 'GGT': 'G', 'GGC': 'G', 'GGA': 'G', 'GGG': 'G', 'GGN': 'G', 'TAN': 'X', 'TTN': 'X', 'TGN': 'X', 'CAN': 'X', 'ATN': 'X', 'AAN': 'X', 'GAN': 'X', 'AGN': 'X', 'ANA': 'X', 'ANT': 'X', 'ANG': 'X', 'ANC': 'X', 'TNA': 'X', 'TNT': 'X', 'TNG': 'X', 'TNC': 'X', 'GNA': 'X', 'GNT': 'X', 'GNG': 'X', 'GNC': 'X', 'CNA': 'X', 'CNT': 'X', 'CNG': 'X', 'CNC': 'X', 'NAA': 'X', 'NAT': 'X', 'NAG': 'X', 'NAC': 'X', 'NTA': 'X', 'NTT': 'X', 'NTG': 'X', 'NTC': 'X', 'NGA': 'X', 'NGT': 'X', 'NGG': 'X', 'NGC': 'X', 'NCA': 'X', 'NCT': 'X', 'NCG': 'X', 'NCC': 'X', 'NNA': 'X', 'NNT': 'X', 'NNG': 'X', 'NNC': 'X', 'ANN': 'X', 'TNN': 'X', 'GNN': 'X', 'NNC': 'X', 'NAN': 'X', 'NTN': 'X', 'NGN': 'X', 'NCN': 'X', 'NNN': 'X' }